と言うわけで燃費を改善しているそうなんですが、その理屈に凄く納得がいかない。

「一定量まで充電されると発電を停止しエンジン負荷を軽減させる事で燃費向上」って書いてますが、充電量が減ってきて次の充電サイクルになると、今まで以上に充電が必要→発電機の負荷が上がる→燃費が下がるわけで、トータルで見たら変わらないんじゃね?と。

こっちもそう。バッテリの充電量が100%に達したら、以後は車の電装自体の消費電力分が発電機から引っ張られるわけで、無駄な充電をしてるわけじゃぁ無い。
他の所で調べたところ、
- エンジン効率の悪い加速時の充電を一時的に止めたり、
- 減速時に多めに充電したり(回生電力)、
- いつでも回生電力を回収できるよう、満充電の手前で充電量を抑えたり、
…等というような制御が、燃費向上のキモらしい。
そのあたり各社のノウハウで公開・非公開情報が入り乱れてそうなんで、載せるに載せられなかったんじゃないかな?と妄想。